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多肽類藥物質量檢測是針對分子量在500~5000 Da之間的氨基酸聚合物（通常由化學合成或重組表達制備）進行的一系列理化、生物學及安全性檢驗。與小分子化藥不同，多肽具有多級結構（一級序列、二硫鍵配對、空間構象），且極易發生化學降解（氧化、水解、消旋化），這對質量檢測提出了遠高于普通藥物的復雜要求。
氨基酸序列分析：采用Edman降解法（經典但費時）或LC-MS/MS串聯質譜法（主流）。質譜不僅能測定精確分子量（誤差需在±0.05%以內），還能通過碎片離子圖譜（b/y離子）拼讀出完整氨基酸序列，確認無氨基酸缺失或插入。
二硫鍵定位：含半胱的多肽（如抑素類似物）若二硫鍵連接錯誤，活性將劇降。采用非還原條件下酶解，通過質譜檢測含有二硫鍵的肽段分子量，結合部分還原烷基化策略，精確鎖定二硫鍵配對方式（如Cys3-Cys17 vs Cys7-Cys14）。
反相高效液相色譜是多肽純度檢測的絕對主力。采用C18色譜柱，以水-乙腈為流動相，在210~220 nm波長處檢測（肽鍵吸收峰）。主峰純度通常要求不低于95.0%（藥典原料藥標準）。
更重要的是有關物質檢測——即與目標肽結構極其相似的雜質肽：
缺失肽：合成中漏接一個氨基酸。
插入肽：額外的氨基酸殘基。
氧化肽：被氧化為亞砜，極性改變導致保留時間漂移。
差向肽：氨基酸消旋化（L構型變為D構型），采用手性柱或毛細管電泳專門分離。
毛細管電泳（CE） 因其高分辨率和電滲流驅動力，能分離反相HPLC無法分辨的帶相同電荷的異構體雜質，兩者方法互為補充。
含量測定采用氨基酸分析（酸水解后柱后衍生，準確度最高）或外標法定量HPLC。生物學活性檢測則針對多肽的功能：例如，需測定其促進T細胞分化的能力（E-玫瑰花結試驗）；GLP-1類似物需測定其刺激胰島RINm5F細胞分泌cAMP的量（ELISA法）。活性單位以國際單位（IU） 表示，需溯源至WHO標準品。
殘留溶劑：多肽合成大量使用N,N-二甲基甲酰胺、二氯甲烷、乙腈。采用頂空-氣相色譜檢測，限度嚴苛（如DMF≤0.088%）。
TFA 殘留：純化過程常用TFA，采用離子色譜檢測，因其具有細胞膜破壞性，殘留需<100 ppm。
內毒素與無菌：注射用多肽必須符合無菌/內毒素限值。
多肽藥物必須進行強制降解試驗（高溫、高濕、強光照、氧化）。檢測方法必須具有“穩定性指示性”——即能夠將主峰與所有降解產物峰分離（分離度≥1.5）。若某降解產物（如脫酰胺產物）與主峰重合，該方法即宣告無效。常用pH梯度洗脫或不同柱溫來優化分離度。
隨著連續制造工藝的應用，在線拉曼光譜和近紅外光譜已開始用于多肽合成過程中實時監控反應終點，配合多變量數據分析模型，實現質量源于設計（QbD）的理念，極大提升了批間一致性。
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