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藥品微生物檢測是依據《中國藥典》通則1105、1106及1107等章節，對藥品生產全過程中的原料、輔料、中間品、成品及包裝材料進行的微生物學檢驗。其根本目的在于確保藥品的安全性（不含致病菌）和穩定性（不受微生物破壞）。
藥品不同于食品，通常由免疫功能低下或重癥患者使用。一旦微生物超標，輕則導致藥品變質失效，重則引發敗血癥、感染性休克。多起全球藥害事件均源于微生物污染，這促使各國將微生物檢測提升至與化學成分檢測同等重要的高度。
此項檢查針對非無菌藥品（如口服片劑、外用軟膏）。
需氧菌總數計數（TAMC）：采用平皿傾注法或薄膜過濾法。將供試液與45℃的胰酪大豆胨瓊脂（TSA）混合凝固，在30~35℃培養3~5天。計數平板上的菌落形成單位（CFU）。對于含抑菌成分的藥品，必須采用薄膜過濾法（沖洗量不少于500mL/膜）去除抑菌活性，避免假陰性。
霉菌和酵母菌總數計數（TYMC）：使用沙氏葡萄糖瓊脂（SDA）平板，在20~25℃培養5~7天。霉菌因氣生菌絲擴散生長，計數需在第3、5、7天多次觀察，防止單菌落蔓延覆蓋整個平板。
控制菌檢查（即特定致病菌篩查）：
大腸埃希菌：采用麥康凱液體培養基增菌，再劃線至麥康凱瓊脂平板，典型菌落呈粉紅色。檢出即提示糞便污染，口服制劑絕不允許檢出。
銅綠假單胞菌：在十六烷三甲基瓊脂上呈黃綠色菌落，產生熒光素。該菌對抵抗力低下者危害極大，必須在外用藥中嚴格控制。
沙門氏菌：需經四硫磺酸鹽增菌，再接種至膽鹽硫乳瓊脂。動物源性藥品（如鱉甲、羚羊角）必須檢測此項。
適用于注射劑、眼內、植入劑及外科敷料等。根據劑型選擇直接接種法或薄膜過濾法。
培養基體系：
硫乙醇酸鹽流體培養基（FTM）：專為厭氧菌和需氧菌設計，含巰基乙醇鈉降低氧化還原電位，并添加刃天青指示氧化狀態。培養溫度30~35℃。
胰酪大豆胨液體培養基（TSB）：適合真菌和需氧菌，培養溫度20~25℃。
操作要點：樣品量需參照藥典“表1”批量抽樣（如批量為n件，抽取n+1件）。培養周期不少于14天。若供試品本身有抑菌性，必須通過方法適用性試驗證實培養基能支持枯草芽孢桿菌、白色念珠菌等試驗菌的生長，否則需采用大體積培養基稀釋（稀釋法消除抑菌性）。
內毒素是革蘭氏陰性菌細胞壁的脂多糖（LPS），極其耐熱。采用鱟試劑法（凝膠法或動態顯色法）。目前推薦使用重組C因子法替代動物來源的鱟血，符合3R倫理原則。
檢測結果以內毒素限度（EU/mg或EU/mL） 表示。注射用水要求≤0.25 EU/mL。樣品需進行干擾試驗，排除pH或金屬離子對鱟試劑凝膠的抑制或增強。
微生物檢測數據一旦超標（OOS），不能單純復檢了事。必須啟動偏差調查（MDD），重點排查：
取樣過程是否引入污染？
培養基滅菌是否過度（糖類焦化抑制生長）？
培養箱濕度是否過大（導致霉菌計數過高）？
操作人員是否嚴格執行了更衣程序？
最終調查報告需歸檔，并反饋至生產車間的清潔驗證計劃中，形成質量閉環。
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